Rejestr dzieli się na dwie zasadnicze części – część, która nie wymaga od użytkownika zalogowania się oraz część dostępna wyłącznie dla osób posiadających konto w portalu.
Część, która nie wymaga zalogowania to Portal Publiczny. Jak wskazano na stronie Rejestru, po wejściu w tę zakładkę, każdy może bezpłatnie przejrzeć obwieszczenia oraz wyszukać informacje o osobach i podmiotach, wobec których są lub były prowadzone postępowania restrukturyzacyjne, upadłościowe oraz postępowania w sprawach orzeczenia zakazu prowadzenia działalności gospodarczej, o osobach i podmiotach, wobec których była prowadzona egzekucja sądowa lub administracyjna i została ona umorzona z powodu jej bezskuteczności, o osobach, wobec których toczy się egzekucja świadczeń alimentacyjnych lub egzekucja należności budżetu państwa powstałych z tytułu świadczeń wypłacanych w przypadku bezskuteczności egzekucji alimentów o składnikach masy upadłości, oraz o doradcach restrukturyzacyjnych.
Pozostała część Rejestru, która wymaga od użytkownika zalogowania dzieli się na Portal Użytkowników Zarejestrowanych, Rejestr dla Organów Administracji Publicznej oraz Portal Użytkowników Branżowych.
Za pośrednictwem Portalu Użytkowników Zarejestrowanych można składać wnioski i pisma procesowe w postępowaniach restrukturyzacyjnych, upadłościowych oraz postępowaniach w sprawie orzeczenia zakazu prowadzenia działalności gospodarczej. Można także przeglądać akta tych postępowań oraz odbierać korespondencję z nimi związaną. Jest to najważniejszym element Rejestru, ponieważ za pośrednictwem Portalu Użytkowników Zarejestrowanych strony składają wnioski, pełnomocnicy reprezentują uczestników, możliwy jest podgląd akt spraw etc. Jest to portal dla wszystkich użytkowników dopuszczonych do konkretnej sprawy, którzy nie są organem postępowania.
Rejestr dla Organów Administracji Publicznej przeznaczony jest dla organów zobowiązanych do zamieszczania w Krajowym Rejestrze Zadłużonych informacji o osobach i podmiotach, wobec których była prowadzona egzekucja sądowa lub administracyjna i została ona umorzona z powodu jej bezskuteczności oraz o osobach, wobec których toczy się egzekucja świadczeń alimentacyjnych lub egzekucja należności budżetu państwa powstałych z tytułu świadczeń wypłacanych w przypadku bezskuteczności egzekucji alimentów o składnikach masy upadłości.
Za pośrednictwem Portalu Użytkowników Branżowych syndycy, nadzorcy oraz zarządcy wykonują czynności w postępowaniach restrukturyzacyjnych i upadłościowych.
Każda osoba zainteresowana ma prawo utworzyć dla siebie konto w Krajowym Rejestrze Zadłużonych. Jest to o tyle ułatwione, że opiera się na profilu zaufanym lub innej powszechnie stosowanej formie potwierdzania tożsamości. Faktycznie założenie konta trwa kilka minut i użytkownik może już korzystać z narzędzi Rejestru.
Co ważne, założenie konta w Krajowym Rejestrze Zadłużonych jest równoznaczne z założeniem konta w Portalu Rejestrów Sądowych, a więc możliwe jest zarówno korzystanie z Krajowego Rejestru Zadłużonych jak i Krajowego Rejestru Sądowego za pośrednictwem jednego, tego samego konta. Jako że wielu uczestników postępowań musiało założyć konta od 1 lipca 2021 roku w Krajowym Rejestrze Sądowym, to nie muszą oni już zakładać konta w Krajowym Rejestrze Zadłużonych.
Jeżeli uczestnik zakłada konto w KRZ w celu uczestniczenia w konkretnym, już toczącym się postępowaniu, musi pamiętać, że należy złożyć wniosek o dostęp do konkretnej sprawy (dostęp nie jest przyznawany automatycznie wraz z założeniem konta). Wniosek taki trafia do akt sprawy i dopiero na zarządzenie Przewodniczącego/Sędziego-Komisarza/Nadzorcy Układ uczestnik jest podłączany do konkretnej sprawy.
Obecnie można zaobserwować opóźnienia w udzielaniu dostęp do spraw, częstokroć wynikające z braku wiedzy osób faktycznie udzielających dostępu, jak należy to zrobić, albo z niewiedzy osób uprawnionych do wydania zarządzenia, że jest ono konieczne, aby dołączyć podmiot do sprawy. Jest to jeden z tych elementów postępowań, które muszą zostać usprawnione, zarówno przez organy postępowań (syndycy, nadzorcy i zarządcy), pełnomocników profesjonalnych, jak i przez sędziów/sędziów-komisarzy oraz sekretarzy sądowych.